Евгений Жозефович Марчелли родился 19 мая 1957 года в городе Фрунзе. Отец Евгения Марчелли — итальянец по происхождению. Он в 1930-е годы бежал от фашизма, эмигрировав в СССР. Воевал в Советской армии, но затем был сослан в город Фрунзе.
Евгений Марчелли закончил актерское отделение в Ярославском театральном училище. Был учеником легендарного для Волковского театра режиссера Фирса Шишигина. В 1986 году окончил театральное училище имени Щукина в Москве, режиссерский факультет.
С 1991 года — главный режиссер театра города Советска. Сезон 1998–1999 годов работал главным режиссером в драмтеатре Калининграда, после чего опять вернулся в Советск. С 2003 по 2008 год — главный режиссёр Омского академического театра драмы, затем до 2010 года — главный режиссер Калининградского драматического театра.